En el año 1979 se terminaron las obras del edificio de nueva construcción situado en la avenida Obispo Acuña de la capital zamorana, en la zona de la Candelaria y muy cerca del río Duero, del que tomó el nombre. En el verano de ese año se realiza el traslado a ese nuevo centro y es en el curso 1979/80 cuando el Instituto comienza a prestar su labor educativa bajo el nombre de "Instituto Politécnico Nacional de Formación Profesional".

En sus comienzos era un centro de Formación Profesional en el que continuaron sus estudios los alumnos procedentes del Centro Nacional de Formación Profesional de 1º y 2º grado, que hasta entonces se encontraba ubicado en el recinto de "El Castillo de Zamora".

En aquellos años, los alumnos podían cursar los estudios de:

• Madera
• Metal y electricidad
• Administrativa y Comercial (años más tarde, esta especialidad volvería a impartirse en las instalaciones del castillo)

También tenían posibilidades de obtener títulos, en régimen libre, los trabajadores mayores de 18 años que superaran las pruebas de FP de 1º Grado, incluso en ramas que no se impartían en régimen oficial, como Sanitaria o Jardín de Infancia. En esa época, se realizaban, así mismo, exámenes libres para la obtención de Títulos de Formación de Segundo Grado.

A lo largo de este tiempo, en el centro se han ido suprimiendo e incorporando distintas ramas de la Formación Profesional (Delineación, Peluquería, Estética) buscando una mayor formación de los alumnos con el fin último de lograr una mejor incorporación al mundo laboral.

Tras 14 años de impartición de las antiguas F.P. I (compuesta de dos cursos) y F.P. II (de tres cursos de duración), en el curso 1993/94 se implanta el sistema educativo (LOGSE) que introduce la E.S.O., el Bachiller y los Ciclos Formativos. Este cambio supuso no sólo una importante remodelación física del edificio, sino también un cambio de denominación, adquiriendo el nombre de "Instituto de Educación Secundaria Río Duero", que tiene en la actualidad.

Actualmente el IES Río Duero también imparte la Formación Profesional Básica de Electricidad y Electrónica, implantando asimismo las enseñanzad de la LOMCE.